Los tiempos de cambios cesan con la muerte del Rey fundador, y el siglo XVII, será la etapa de sedimentación y reposo que permita digerir las transformaciones impuestas en una Villa, que depende para casi todo de su superior jerárquico, el Monasterio, y de su prior, personalidad que en última instancia establece y señala, quién, cómo y cúando trabaja, una población empleada casi en su totalidad al servicio de los religiosos del monasterio escurialense.

La situación descrita, con cambios que no son del caso reseñar aquí, se mantiene hasta la segunda mitad del siglo XVIII y más concretamente durante el reinado de Carlos III, momento en que se hace patente la necesidad que los cortesanos del Rey tienen, de viviendas propias, para instalarse cerca de la Corona, durante las jornadas que Carlos III pasa en su palacio del Monasterio.

Los monjes jerónimos con mucho de soberbia y poco de reflexión impediran la construcción de edificios con márgenes suficientes de libertad para sus propietarios, lo que conducirá a que la Corona, utilizando un motivo tan baladí como la apertura de un mesón en el Sitio, y empleando para sus intereses a la Villa de El Escorial, promueva un ruidoso pleito, en el que se enfrentaran El Monasterio y nuestro municipio, por el reconocimiento de la propiedad del suelo en el que se había de establecer el citado mesón, con el arbitraje superior, de la Corona, quien en última instancia se apropiará del terreno en discusión, cuando se demuestre que el lugar elegido para la instalación de la nueva taberna, eran baldios, y por tanto pertenecientes a la institución monárquica.
Desde este momento, la Corona promoverá cambios administrativos de importancia, a costa del Monasterio y de El Escorial, centrados en la desaparición de la figura del Alcalde Mayor, la creación del cargo de Gobernador de El Real Sitio, y la configuración de un marco territorial propio, para el nuevo enclave poblacional puesto en marcha. Nacía así, no sin graves dificultades, el miembro más joven de la tierra escuarialense: el municipio de San Lorenzo de El Escorial.